מכאן נעבור למדרש עשרה הרוגי מלכות: (אוצר המדרשים אייזנשטיין עמוד 441)
"אמר לו גבריאל: ישמעאל בני, חי נפשך שכך שמעתי מאחורי הפרגוד שעשרה חכמי ישראל נמסרו להריגה ביד מלכות הרשעה. אמר לו רבי ישמעאל: למה?! אמר לו: על מכירת יוסף שמכרוהו אחיו, שמידת הדין מקטרגת בכל יום לפני כסא הכבוד ואומרת כלום כתבת בתורתך אות אחת לבטלה? הרי השבטים שמכרו את יוסף ולא פרעת עדיין מהם או מזרעם, לפיכך נגזרה גזרה על עשרה חכמי ישראל למסרם להריגה ביד מלכות הרשעה. אמר לו רבי ישמעאל: עד עתה לא מצא הקדוש ברוך הוא פריעה במכירתו אלא בנו?! אמר לו גבריאל: חי נפשך ישמעאל בני שמיום שמכרו השבטים את יוסף לא מצא הקדוש ברוך הוא בדור אחד עשרה צדיקים וחסידים כמו השבטים, לפיכך הקדוש ברוך הוא פורע מכם".

כך הוא גם בפיוט אלה אזכרה הנאמר ביום כיפור:
טִהֵר רַבִּי יִשְׁמָעֵאל עַצְמוֹ וְהִזְכִּיר אֶת הַשֵּׁם בְּסִלּוּדִים. וְעָלָה לַמָּרוֹם וְשָׁאַל מֵאֵת הָאִישׁ לְבוּשׁ הַבַּדִּים. וְנָם לוֹ קַבְּלוּ עֲלֵיכֶם צַדִּיקִים וִידִידִים. כִּי שָׁמַעְתִּי מֵאֲחוֹרֵי הַפַּרְגּוֹד כִּי בְזֹאת אַתֶּם נִלְכָּדִים:

וצריך להבין, הניחא אם יפרע מהם או מזרעם, אבל מה הסברה להטפל לרבי עקיבא וחבריו דוקא? ואין לומר שגם הם זרעם הוו, שהרי רבי עקיבא היה מזרע גרים!

אלא שאם לא זרעם ממש, חייב להיות איזה קשר נשמתי אחר ביניהם, לזה מכנים הרמ"ע מפאנו, האריז"ל, ואחרים בשם גילגול. ואין קשר בין זה לגילגול נשמות בעלי חיים שהזכיר רס"ג.
רס"ג עצמו כתב פירוש לספר היצירה.
רעי מאיר הורנשטיין היה משתתף בקביעות בשיעורי הרב יוסף קאפח. הוא סיפר שהרב קאפח היה מצטט זוהר בעל פה, ואמר שאלו הם דברי אגדה אך לא להלכה. וכאשר היו טוענים לפניו דרדעים שהדברים מנוגדים לדברי הרמב"ם היה עונה שלבני תימן היו תמיד שני עמודים עליהם הם סומכים, רס"ג והרמב"ם. ואמנם אין הדברים עולים בקנה אחד עם דברי הרמב"ם, אבל הם מתאימים לשיטת רס"ג. גם היה אומר במחלוקות מסוימות בין רס"ג לרמב"ם שדעת הפילוסופים החדשים כרס"ג דוקא.

גם ענין המזל שהזכיר רבא במסכת מועד קטן דף כח ע"א קשור לזה. רבה בִּישׁ המזל המוזכר שם, הוא אותו רבה מבני בניו של עלי. והוא אותו רבה שהעיד על עצמו במסכת שבת דף קנו ע"א: "אמר רבה: אנא במאדים הואי. אמר אביי מר נמי עניש וקטיל". לדברי אביי שאמרם למורו דודו, מזלו של רבה אכן גורם לו לנהוג בתוקפנות יתר. כמו שאכן מצינו בו, ראה בקישור זה.