יש לדעת שלמרות שהראשונים והאחרונים עמלו רבות ליישב ולהסביר דברי חז"ל, עדיין גם לאחר כל עמלם הרב מאד והמבורך ללא מידה, נשארו שאלות רבות וסוגיות שלמות שלא זכינו בהן להבנה בהירה ושלמה ללא קשיים חמורים.
ניתן לתת סימן כזה: כל נושא (בודד) שנכתב עליו ספר שלם ע"י אחד האחרונים כדי לבארו, סימן הוא שנותרו דברים רבים שצריכים יישוב וביאור, עם זאת כיוון שצריך לכתוב כ"כ הרבה היא גופא ראיה שאין למחבר הסבר כולל לכלל הקשיים אלא הוא נאלץ ליישב כל קושי באופן פרטני וממילא זה עצמו ראיה לכך שעדיין לא התגלתה האמת הפשוטה שמתיישבת בקלות עם כלל המקורות.
דוגמאות לסוגיות עלומות (ויש עוד רבות)
איסור מלאכה בחוה"מ
מתי יש "בל תוסיף ומתי לא"
דיני מוקצה בשבת ויו"ט
גדרי משאצ"ג פס"ר ולא מתכוון בשבת והיחס בינהם
מהי הרגשה בנדה
צה"כ ושקיעה
דיני מקוואות

כאמור למרות שיש הרבה יסודות והסברים בדברי הקדמונים עפ"י רוב בנושאים דלעיל השאלות נראות טובות מהתשובות שניתנו להן וראיה לכך כמות המחלוקות הקיצוניות בין הראשונים השונים (עפ"י רוב כשיש תשובה טובה לא נוהגים לחלוק עליה בצורה מוחלטת אלא רק לתת זווית אחרת ורק "שיפוץ" מסויים)

כיוון שאני מאמין שדברי חז"ל אמיתיים הם ויש בהם אמת הגיונית שניתן לבררה (זו מלאכת עמלי התורה) הרי שיש בחינת פגיעה בהם כשנשארים דבריהם האלוקיים ב'צ"ע' או "תימה ד..." וחובה עלי לעשות כל שביכולתי לברר אמיתת דבריהם כך שיישארו בלא פקפוק וסתירות.
אינני מבין כלל למה דבר זה נתפס כאן כזלזול בראשונים ואף אפיקורסות.