לאור שאלותיי והדיון שהיה לי עם הרב דוד עלה בליבי ההסבר הבא:

נתחיל בשאלה ד':
ד. רש"י " לא יצתה ידי חובתה - לא יכלה לשנותה בשלש שנים". למה ריו"ח השתמש במושג "חובה"?
להלכה, חובת לימוד תורה לנשים מתקיים בשני עניינים- הלכה ומוסר, שניהם יכולים להדרש כאחד במסגרת דרשה בסגנון המקובל יותר בין עדות המזרח ושהמומחים הגדולים בו בדורות האחרונים היו הגר"ע יוסף (ראו ספרו ענף עץ אבות) והבן איש חי (ראו כאן)
דרשות אלו יוצרות עניין ומושכות ללימוד ההלכה ע"י סיפורים על אישים שונים והנהגותיהם, לעיתים המבוזה והטועה.
נראה שגם בזמן חז"ל היה מנהג כזה וכדוגמא המסופר על רב אשי בסנהדרין קב :
"רב אשי אוקי אשלשה מלכים אמר למחר נפתח בחברין אתא מנשה איתחזי ליה בחלמיה"
ה"פרסום" לדרשה שלמחורת הוא, שידרשו בגנותו של המלך מנשה, נראה שזה הביא הרבה אנשים לדרשה... (תחליף נאה לנהירת הנוצרים להוצאות פומביות להורג )
דרשות אלו א"כ היו מתובלות בהמון סיפורים ומשלים וכדברי מר זוטרא" (דברי הימים א ח, לח) בין אצל לאצל טעינו ד' מאה גמלי דדרשא"
אך העיקר בעיני הדורשים היה וודאי החלק התורני הלכתי שהצליחו להעביר לנשים וע"ה ע"י שמשכום בסיפוריהם היפים.
יוצא א"כ שברוריה לא הייתה חכמנית ות"ח מגדולי דורה אלא "רק" אשה טובה שהקפידה ללכת לכל הדרשות שדרשו הרבנים בסביבתה ואכן תוך שלש שנים כבר ידעה את כל הסיפורים המשלים והאגדות ונראה שבעקבות כך גם הפסיקה לבוא לשיעורים... (ייתכן שכך הבין ר' יוחנן בקשת ר' שמלאי?)
"ספר יוחסין" א"כ זה אוסף דרשות שיש בהן יסודות ההלכה הנצרכת לכל בת ישראל וכל ע"ה כאשר בין כל הלכה והלכה יש סיפורים ומשלים העוזרים להבנת והטמעת הדברים

גניזת "מדרשי יוחסין"
נראה שבדורו של ר' יוחנן שמסרו נפשם על לימוד התורה החלו הת"ח להתרשל מהוראת התורה לפשוטי העם כיוון שראו בכך ביטול תורה ושע"ה קולטים אולי בעיקר את הסיפורים (ולעיתים דווקא בתור לשון הרע על משפחות) ולא את ההלכה. כיוון שכך, כאשר הגיע ר' שמלאי לר' יוחנן וביקשו ש"יעשה לו דרשה" דחהו ר' יוחנן אך כיוון שהבחור כפהו נאלץ ר' יוחנן מתוקף חובתו כמורה הוראה לדור לדרוש לאותו בחור.
למה ר ' שמלאי אמר לר' יוחנן שהוא משני המקומות שידע שר' יוחנן לא מלמדם? ייתכן שהוא סבר שהחלטתו של ר 'יוחנן שלא ללמד ע"ה מאזורים מסויימים יש בה סכנה של דחייתם לגמרי מגבולות ההלכה וניסה לשכנע את ר' יוחנן לחזור בו מהחלטתו, נראה שהצליח בכך.

"אמר רמי בר רב יודא א"ר מיום שנגנז ספר יוחסין תשש כחן של חכמי' וכהה מאור עיניהם "
מי שראה דרשותיו של רבינו יוסף חיים מבין מה איבדו הת"ח שעברו (כבר בימי ר' יוחנן) לדרשות ה"אשכנזיות" שעוסקות בהלכה לת"ח בלא תיבול האגדה לנשים וע"ה