א.א. עיקר לימודו של רבה: "שהרי לא עשו מעשה ו...(נענשים)" - מזה שנענשים בלא שעשו מעשה, לכן פחות חשובה הגירסה בהמשך ונהרגים / ונהרגים ומשלמין / וקיימת גם גירסא 'ומשלמין' בלבד! - ממש כדברי רב נחמן לטענתך.
ואילו עיקר הדגשת רב נחמן לא על מעשי העדים, אלא על מיקום הממון (החפצא), לכן ברור למה לא עסק בנפשות.

ואם כל ההבדל בין רבה לרב נחמן הוא רק אם דיברו על נפשות או על ממון, באמת קשה, למה לא הזכירו שניהם גם נפשות וגם ממון.

ב. לשון חידושי הריטב"א:
"אימא וכן א"ר נחמן. ותלמודא דלא קאמר וכן, משום דר"נ לאו אדרבה קאי אלא אדר"ע גופיה".
פירוש דבריו, שמלכתחילה הגמרא לא אמרה "וכן א"ר נחמן", משום שהגמרא ידעה שרב נחמן התייחס באופן עצמאי לדברי ר"ע, ולא לדברי רבה. ובודאי שאין כוונת הריטב"א שבהוה אמינא חשבה הגמרא שרב נחמן התייחס לדברי רבה, שהיה תלמידו כמשמעות הגמרא במסכת יבמות דף סו ע"ב, ובודאי היה צעיר שלמד מחכמי דורו של ר"נ.

ב.א. הדברים אכן אינם מוכרחים, והם על גבול הדרוש, אבל לא ניתן לומר שהם לא משכנעים.

ב,ג. אני לא יכול להתייחס לאוניברסיטה, כי לא ביקרתי שם.
לעצם הענין ה'ביוגרפיה' אינה דבר חיצוני, אלא דברי הש"ס עצמו, שצריך ללומדם ולזוכרם כמו כל סוגיה אחרת, כאמרם במסכת עירובין דף סד ע"א
"אמר רבי אחא בר חנינא: מאי דכתיב (משלי כ"ט) ורעה זונות יאבד הון, כל האומר שמועה זו נאה, וזו אינה נאה - מאבד הונה של תורה".
נכון שהאמוראים לא למדו את התורה לצורך סיפוק צרכיהם. ועם זאת בהחלט קורה שדברי חכמים מושפעים מקורות חייהם.
במסכת בבא מציעא דף פד ע"א
"לסטאה בלסטיותיה ידע - רש"י: לפי שהיית לסטים אתה בקי באותן כלי אומנות ליסטיות".
ובמסכת בבא מציעא דף קיז ע"ב (וכן ב"ק דף לט ע"א, ודף נג ע"א)
"נקוט דרבי נתן בידך, דדיינא הוא ונחית לעומקא דדינא. קא סבר: כמה מפסיד עלייה בבית - תילתא, הלכך אית ליה תילתא".
כיון שהיה דיין, נחית יותר מאחרים לראות כמה מפסיד.
הרי שהגמרא מציינת בפירוש שיש הבדל בין מי שהיה דיין לחכם אחר.
ובשו"ת בנימין זאב סימן קיד "הלכה כשמואל בדינין בשביל ששמואל היה דיין ובקי בדינין".

כל חכם לומד על פי אופיו ושיטתו. לא משום 'מניעים'.
(תהלים סב, יב) אַחַת דִּבֶּר אֱלֹקִים שְׁתַּיִם זוּ שָׁמָעְתִּי.
מסכת סנהדרין דף פט ע"א
"אמר רבי יצחק: סיגנון אחד עולה לכמה נביאים, ואין שני נביאים מתנבאין בסיגנון אחד".
דבר ה' יוצא מפי כל נביא על פי יחוד שורש נשמתו.
מסכת תענית דף לא ע"א
"אמר עולא ביראה אמר רבי אלעזר: עתיד הקדוש ברוך הוא לעשות מחול לצדיקים, והוא יושב ביניהם בגן עדן, וכל אחד ואחד מראה באצבעו".
ופירשו, שמחול הוא מעגל, ואף שכולם במרחק אחד מהשכינה, כל אחד ניצב בנקודת ראות שונה.

ה,ו. אין קשר בין לימוד מעשי החכמים לאי קבלת דברי הגמרא. אדרבה, אסור לזלזל בשום מעשה המובא בגמרא, ואם הענין הובא בש"ס, בודאי יש בו לקח ומשמעות, אם להלכה, אם למוסר, ואם להבין את האמוראים ולהדבק בדרכיהם.