אותה "לישנא אחרינא" מופיעה במקומות רבים במהלך המסכת. מוסכם שהיו שני נוסחים שונים למסכת. לקביעה זו כבר שותף רש"י.

אלא שרש"י מוסיף שהנוסח השני הוא נוסח ירושלמי.
כיצד הגיע רש"י למסקנה זו?
נראה שרש"י פירש שלישנא אחרינא הוא כמו לישנא דמערבא. "אחרינא" כמו "הים האחרון" (דברים יא, כד; לד, ב) שפירושו הים האחורי כלומר המערבי, לעומת הקדמוני שהוא הקידמי מלשון קדם - מזרח. (יואל ב, כ) פָּנָיו אֶל הַיָּם הַקַּדְמֹנִי וְסֹפוֹ אֶל הַיָּם הָאַחֲרוֹן. (זכריה יד, ח) חֶצְיָם אֶל הַיָּם הַקַּדְמוֹנִי וְחֶצְיָם אֶל הַיָּם הָאַחֲרוֹן. [למינוח זה דרום הוא ימין וצפון הוא שמאל. (תהלים פט, יג) צָפוֹן וְיָמִין אַתָּה בְרָאתָם. (ישעיהו נד, ג) כִּי יָמִין וּשְׂמֹאול תִּפְרֹצִי וְזַרְעֵךְ גּוֹיִם יִירָשׁ].
לִשְׁנוֹת אלו מנוסחות אמנם בלשון הבבלי הרגילה ולא בארמית הירושלמי, ולרש"י י"ל שבבבל ניסחו בלשונם את מהלך הסוגיה שנמסר במערבא.

לסברת רש"י מבואר הכלל של הפוסקים הרגילים לפסוק כלישנא בתרא, שהרי "אנן כייפינן להו" (מסכתות פסחים דף נא ע"א; הוריות דף יא ע"ב; חולין דף יח ע"ב).

סברה אחרת לאותו כלל, על פי הביטוי "סלקא ליה שמעתתא אליבא דהלכתא" (מסכתות סוטה דף כא ע"א; בבא קמא דף צב ע"א; סנהדרין דף קו ע"ב). כלומר שההלכה נקבעת כפי שעולים/יוצאים מהסוגיה. (ולחולקים הביטוי עוסק רק בסיום השקלא וטריא, ולא בלִשְׁנות).
ככלל זה פוסק הטור בין הדעות השונות המובאות ברא"ש. וכן הכלל בי"א וי"א בשו"ע (משא"כ בסתם וי"א, שאז השינוי בהעדר הניסוח 'י"א' ברישא מורה שהיא העיקר, והי"א הם כתוספת מוסגרת. שלא כגמרא והרא"ש שלא קיימת בהם הצורה י"א וי"א).