אין בכך שום קושי, כאמור בספר מעלות התורה לרבי אברהם אחי הגר"א:

ושמעתי מאחי הגאון ז"ל שורש הדבר, שבודאי ליכא למימר שלא יכנסו תחת גדר המצות רק תרי"ג מצות ולא יותר, שאם כן מבראשית ועד בא, אין בהם רק שלשה מצות, גם הרבה פרשיות שבתורה, שאין בהם שום מצוה, וזהו דבר שאין מתקבל, אלא באמת כל דבור ודבור שבתורה, שיצא מפי הגבורה, היא מצוה בפני עצמה. והנה באמת המצות רבו ועצמו עד אין מספר, עד מי שיש לו עיון השכלי ולב מבין, ויכול להתנהג בכל פרטי עניניו והנהגותיו, מקטן ועד גדול, על פי התורה והמצוה, ואז היתה מצוה בכל עת, ובכל רגע, עד אין מספר, כאשר הובא הרבה מעשים מהקדמונים ז"ל, בגמרא ובמדרשים, מאשר נהגו הנהגותם על פי התורה, ועל זה אמר דוד המלך עליו השלום, לכל תכלה ראיתי קץ רחבה מצותך מאד (תהלים קיט צו). ומה שהוזכר תרי"ג אינו אלא שרשים, אבל הם מתפרשים לענפים הרבה. ובאמת דבר זה נעלם מאתנו, איזה מהם שרשים, ואיזה מהם ענפים, ואין מהצרך לדעת זאת, כי בכל מצוה ומצוה, ובכל דבור מדבורי התורה, נכלל כל התורה וכל המצות כלן כללותיהן ופרטותיהן ודקדוקיהן, ולכן נמשלה התורה לעץ, כמו שנאמר: כי עץ חיים היא למחזיקים בה (משלי ג יח) כמו שהעץ שורש אחד נתפשט לכמה ענפים, וכל ענף וענף לכמה שרביטים, וכל שרביט ושרביט לכמה פירות, וכל פרי יש בו כמה גרעינין, וכל גרעין יש בו כח לצמוח אילן שלם, עם השרשים, וענפים, ושרביטין ועלין ופירות, וגרעינין בתוכם עם כח המצמיח עוד אילן, וכן לאין תכלית, וכן מכל ענף יכול לנטוע אילן שלם, עם כל פרטים הנ"ל, כמו שכתבו הפילוסופים. כן הוא בדבורי התורה והמצות, כל דבור ודבור ומצוה, כולל כל המצות וכל הדבורים.