יש לזכור,
שפעמים רבות המחלוקת היא איך לספור. האם מצוה מסויימת עומדת לעצמה או כלולה במצווה אחרת. לעיתים בלי נפקא מינא לדינא, לעיתים נפקא מינא מועטה.
לדוגמא המס"ג מונה לאו נפרד "השמר לך פן תשכח" שאסור לשכוח התורה ואילו הרמב"ם מביא את הפסוק הזה בפרק א מתלמוד תורה אך כולל זאת במצוות עשה ללמוד תורה ולמדה. ורבות כאלו.
יש גם מחלוקות ממש:
לאחר מחלוקת קורח מצווה הקב"ה את משה לצפות את המזבח במחתות הנחושת של עדת קרח, והמטרה מפורשת זִכָּר֞וֹן לִבְנֵ֣י יִשְׂרָאֵ֗ל לְ֠מַ֠עַן אֲשֶׁ֨ר לֹֽא-יִקְרַ֜ב אִ֣ישׁ זָ֗ר אֲ֠שֶׁ֠ר לֹ֣א מִזֶּ֤רַע אַֽהֲרֹן֙ ה֔וּא לְהַקְטִ֥יר קְטֹ֖רֶת לִפְנֵ֣י ה וְלֹֽא-יִהְיֶ֤ה כְקֹ֨רַח֙ וְכַ֣עֲדָת֔וֹ כַּֽאֲשֶׁ֨ר דִּבֶּ֧ר ה בְּיַד-מֹשֶׁ֖ה לֽוֹ:
את המילים האלה האחרונות וְלֹֽא-יִהְיֶ֤ה כְקֹ֨רַח֙ וְכַ֣עֲדָת֔וֹ אמרו חז"ל שאסור להחזיק במחלוקת. אך רק בודדים ממוני המצוות ספרו זאת כלאו ממש, רובם רואים זאת כהדרכה, הנהגה חשובה, עצה טובה, אבל לא לאו ממש שניתן להלקות עליו.
(האופציה להלקות, לחברי בוגרי מסכת מכות - העדים אומרים לפלוני "ההתעקשות שלך והמעשה הזה שלך הם החזקה במחלוקת" ובית הדין יקבל את דבריהם).