א.
הניסוחים:
נוטריקון בתורה מניין
מנין ללשון נוטריקון מן התורה
אכן קרובים ודומים מאוד, מנין - נוטריקון.

ב.
ההבדל הדק הקיים בכל זאת בין הניסוחים הוא משום כך:
הניסוח: נוטריקון בתורה מניין
משמעותו: היכן מרומזת המילה נוטריקון, כמו היכן מרומזים המילים משה המן וכו'.
ואילו הניסוח: מנין ללשון נוטריקון מן התורה
משמעותו: היכן דרשותינו משתמשות בטכניקה של נוטריקון.

ג.
אתה יוצא מתוך הנחה שאם נמצא ניסוח שונה, בהכרח גם המשמעות תהיה שונה.
אם כן נשאלת השאלה: מה ההבדל בין הקושיות המנוסחות בביטויים הבאים?
מגדף בה
תהי בה
לייט עלה
מחכו עלה
פריך

תשובת ר"ת היא שאין הבדל. בתוספות מסכת כתובות דף ב ע"ב:
"כל אמורא היה תופס לשונו כמו מגדף בה רבי אבהו (סנהדרין ג:) תהי בה רבי יוחנן (ב"ק קיב:) לייט עלה אביי (ברכות כט.)".
(וכן בספר יוחסין מאמר שני סדר האמוראים אות האל"ף).