מקובל לומר שיש מחלוקת האם רבי כתב את המשנה או רק ערך אותה (ובפועל היא נכתבה הרבה יותר מאוחר, ולדעת הסמ"ג בהקדמה: "ועוד טעם אחר בפרקי דרבי אליעזר, מפני שראה הקב"ה שעתידין אומות העולם 24 ספרים שיש בספר תורה, נביאים וכתובים ולהפכם לרעה ולמינות, מסר סימנין למשה בעל פה. ולא הסכימו מן השמים לכותבן עד לאחר שעמדו אמונת אדום וישמעאל פן יעתיקו אותם הגויים ויהפכו אותם לרעה כמו שעשו בתורה שבכתב")

י"נ אפשטיין, מבוא לנוסח המשנה, ב, עמ' 693:
"חכמי ישראל נחלקו בזה מאז לשני מחנות:
רס"ג בס' הגלוי, רב שמואל בן חפני (ר' שמואל הנגיד) במבוא התלמוד, רב נסים במפתח, הרמב"ם ועוד, סוברים שכל חכם וחכם היה כותב לעצמו ורבי כתב את המשנה.
לעומתם הצרפתים למן רש"י (...) ועד המרדכי (...) מחליטים שלא נכתב כלום בימים הראשונים, לא המשנה ולא התלמוד, אלא שבדורות האחרונים (בימי רבנן סבוראי) התירו לכתוב מפני השכחה המצויה".

ואף ידוע שזהו אחד ההבדלים הבולטים בין שני הנוסחים של אגרת רש"ג.

אך לעומת המחלוקת הגדולה שהביא אפשטיין, אברמסון ("כתיבת המשנה", תרבות וחברה בתולדות ישראל בימי-הביניים, עמ' 52) טוען ש:
"נראה לי ברור שלא היו שתי שיטות בעניין כתיבת המשנה על-ידי רבי אלא שיטה אחת היתה והיא שרבי לא כתב את המשנה על ספר כדי שילמדו ממנו, אלא כתבה להיות שמורה ולימד אותה בעל-פה".


ולגבי דברי הגמרא בכתובות עד ע"א, כתב הרב ראובן מרגליות (יסוד המשנה ועריכתה, עמ' נט) שיש לכאורה סיוע קל לשיטה שרבי כתב את המשנה:
"ויתכן כי על אשר טרח רבינו הקדוש לכתוב משנתו בספר רמז באמרו גלוי וידוע לפניך שיגעתי בעשר אצבעותי בתורה (...) בעוד שהיגיעה ללמוד וללמד תתיחס להראש או להלב".