לדעת רש"ג אין משמעות לסדר המסכתות:
"ולענין המסכתות, שראיתם שיש בהן מוקדם ומאוחר, - רבי כשסדר המשניות לא סדרן למסכתות, אחת אחר חברתה, אלא אחת [אחת] שנה בפני עצמה, מי שנוח לו להקדימה - מקדימה, ומי שנוח לו לאחרה - מאחרה, ואיננו יודעין איזו שנה רבי בתחלה. אבל ההלכות והפרקים של כל מסכת ומסכת כך סדרן רבי זה אחר זה (...) כך הורגלו החכמים לשנות, ואם יש מי שנוח לו להקדים או לאחר הרשות בידו". (אגרת רב שרירא גאון, תרגום עברי, סדרן של המסכתות אותיות לא, לג)


שיטת הרמב"ם מוכרת וידועה – הרמב"ם מוצא טעם ברור לכל מסכת ומסכת.
הנה רק דוגמא (עבור תחילת סדר זרעים, מתוך הקדמת הרמב"ם לפיהמ"ש):
"וחלק הדברים בסדר זרעים כפי שאסביר:
פתח תחלה בברכות, וטעם הדבר כי הרופא המומחה כשירצה לשמור בריאות הבריא כמתכונתה מטפל תחלה בתקון המזון, ולפיכך ראה זה אשר ה' בעזרו להתחיל בברכות, לפי שהבא לאכול לא יוכל לאכול עד שיברך (...)
אח"כ חזר לענין הסדר והוא לדבר במצות צמח הארץ, והחל במסכת פאה אחרי ברכות, לפי שכל המתנות שהם חובת התבואה אינם חלים אלא אחרי קצירתה, והפאה חובת הקמה בעודה בקרקע, ולפיכך הקדים לדבר בה.
ואחרי פאה דמאי, לפי שיש לעניים בו זכות כמו שיש להם בפאה, כמו שאמרו מאכילין את הענים דמאי.
ואחר דמאי כלאים לפי שכך סדר הכתוב בקדושים תהיו, לא תכלה פאת שדך ואחריו שדך לא תזרע כלאים.
ואחר כלאים שביעית, והיה ראוי שתהיה מסכת ערלה אחרי כלאים לפי שכך הוא סדר הכתוב, לולי שראה שהערלה אינה הכרחית, שכל זמן שלא יטע אינו חייב בערלה, והשביעית הכרחית, ועוד שהשמטה יש לה בתורה סדר מיוחד לפיכך הקדים לדבר בשמטה.
ואחר שביעית מסכת תרומה, לפי שהתרומה מתנה ראשונה המפורשת מן התבואה.
ואחר התרומה מעשר ראשון לפי שהוא סמוך לתרומה בסדר ההפרשה...".

אך העיר על כך הרב מרגליות (יסוד המשנה ועריכתה, עמ' כו):
"ובכלל ימצא המעיין כי כל הטעמים והנמוקים שכתב הר"מ הם כדרושים נאותים לכל חפצי הדורש, ולו גם נסדרו המסכתות בסדר אחר יוכלו כמו כן להשלב בדרוש".

והוסיף בהערה ה:
"לדוגמא: הנה כתב הר"מ שלכן נסדרה מס' גטין לפני קדושין מפני שהיה רצונו לילך על סדר הכתוב דכתיב וכתב לה ספר כריתות ונתן בידה ויצאה מביתו והלכה והיתה לאיש אחר, והנה כתוב זה הרי הוא מדבר בקדושין שניים אחרי שהוקדמו קדושיה הראשונים כי יקח איש אשה וגו'".


והמאירי (בהקדמה לבית הבחירה) מעלה 3 אפשרויות בנוגע לאופן סידור המסכתות:
"זהו סדורו ע"ה, אם שיסדר על דרך מקרה,
אם שהיה לו טעם יחייב אצלו להיות אופני הסדור על זאת התכונה על הדרך שהזכיר הרב מורה צדק, אם לסבה אחרת גם כן שאפשר לומר בקצתם אולי בכלם.
וגם לי נראה טעם כללי בסדורו ע"ה. והוא שהיתה כוונתו להתחיל בענין החמור שבסדר, ברכות בסדר זרעים, ושבת בסדר מועד, ויבמות בסדר נשים, ותלתא בבי בסדר נזיקין, וזבחים בסדר קדשים, וכלים בסדר טהרות,
או אולי לסבה אחרת לא נודעה לנו".


ולסיום – הנה אלו שקדמו לרב מרגליות ולשיטתו המשכנעת:
"כי ברור ונראה לעין הוא, כמו שכבר ראה גייגר (...) ואחריו דרנבורג (...) ואחריהם הרב פנחס רזובסקי (...) שהמסכות מסודרות לפי גדלן ומספר פרקיהן". (י"נ אפשטיין (מבוא לנוסח המשנה, עמ' 285)