במסכת בבא בתרא דף יד ע"א:
"מיתיבי: ארון שעשה משה... נשתיירו שם שני טפחים שבהן ספר תורה מונח, שנאמר: אין בארון רק שני לוחות האבנים אשר הניח שם משה [וגו']; מאי אין בארון רק? מיעוט אחר מיעוט, ואין מיעוט אחר מיעוט אלא לרבות ספר תורה שמונח בארון... שלא יהא ספר תורה נכנס ויוצא כשהוא דחוק, דברי רבי מאיר.
רבי יהודה אומר: ... ועליו ספר תורה מונח, שנאמר: לקוח את ספר התורה הזה ושמתם אותו מצד ארון ברית ה', מצד הוא מונח ולא בתוכו".

אליבא דשניהם ספר תורה היה בקודש הקודשים. ואליבא דשניהם לוחות הברית שהן לב התורה נמצאים בתוך הארון. בבית שני ספר התורה לא היה יכול להיות בארון, כי לא היה כלל ארון. אבל בסוגייתנו לא מדובר בבית שני אלא בבית שלעתיד לבוא, ובו יהיה ארון הברית.