בענין דרוש הגמרא "במחשכים הושיבני" פירש אביו של הרמב"ם: (שו"ת הרמב"ם סימן תלז) "לאו בכל הדורות היו כן אלא בימי רבה ורב יוסף ואביי ורבא דהוו להו שְׁמָדוֹת".
ואילו הדבר היה כפשוטו היתה קובעת הגמרא שבכל מחלוקת בין בן-א"י לבין בבלי הלכה כבן-א"י, ואין הדבר כן (למשל בשו"ע או"ח סג, ג).

לא ברור מה כתבת בהמשך, מכל מקום הגר"א תוקף בשצף קצף את אלו שאינם סומכים על הירושלמי לפסוק כדבריו במקום שאין הבבלי חולק. אין פסילה לירושלמי. דברי כל התלמוד[ים] הם דברי חז"ל.