הרמב"ם (בהקדמה ליד החזקה) אכן כתב ש: "ור' יוחנן חיבר הגמרא הירושלמית בארץ ישראל אחר חרבן הבית בקרוב שלש מאות שנה".

וכך גם רבי שמשון מקינון (ספר הכריתות, שער ימות עולם, שער שני, אות ג) כתב ש: "ר' יוחנן בארץ ישראל הוא סידר התלמוד הירושלמי אחר חורבן הבית בקרוב שלש מאות שנה".

הקשיים הנובעים מדבריהם הם: (1) איך אפשר לומר שר' יוחנן הוא עורך הירושלמי, והרי הוא חי בתחילת תקופת האמוראים (נפטר בשנת 279 לספה"נ לפי המובא באגרת רש"ג) – אז מה שייך שכבר בתקופה זו יערכו (או יתחילו לערוך) את הירושלמי? מה כבר היה לערוך בתחילת תקופת האמוראים? (2) תקופת חתימת הירושלמי המתוארת בדבריהם היא בשנת 370 לספה"נ. אז איך ייתכן לומר שר' יוחנן, שחי בתחילת תקופת האמוראים, חי בתקופה זו של חתימת הירושלמי?

התירוצים שמצאתי על כך הם כדלהלן:

[1] ר' אשתורי הפרחי (כפתור ופרח, פרק ט"ז - חכם יוצא ספרד שעלה לא"י במאה ה-14] כתב: "ולא מצינן למימר דרבי יוחנן בר נפחא הוא רבי יוחנן שחבר תלמוד הירושלמי, שהרי בן חבור המשנה שהוא לרבי ובין חבור הירושלמי שהוא לר' יוחנן "יש כמו ר"פ שנה", וכמו שתדע ממה שכתבנו פרק ה', ורבי יוחנן בר נפחא תראהו תלמיד רבי". – היינו, משמע מדבריו כנראה, שמדובר בר' יוחנן אחר, שחי בשנת 370 לספה"נ והוא עורך הירושלמי.

[2] זכריה פרנקל (מבוא הירושלמי, דף מח) כתב:"אין הכוונה שר' יוחנן חיבר הירושלמי עד גמירא דרוב החכמים הנזכרים בירושלמי מאוחרים לר' יוחנן ... והרצון בזה ר' יוחנן יסד התלמוד ירושלמי כלומר הוא התחיל לסדרו והבאים אחריו השלימוהו ... אבל גם בזה אין הדעת נוחה, הלוא ר' יוחנן חי בדור הראשון ובדור השני של האמוראים ... וא"כ איפוא המקום להסידור בכלל, וכי מצא ר' יוחנן כבר כביר מאמרי חכמים מזמן סוף התנאים עד זמנו אשר לחצהו לגשת אל מלאכת הסידור?" – היינו, פרנקל דוחה את נסיון האפשרות לתרץ שר' יוחנן רק התחיל לסדר והבאים אחריו השלימוהו. ובהמשך דבריו כתב תירוץ אחר: " אך מאחר שהגדולים אלה יחד עונים ואומרים שר' יוחנן חיבר הירושלמי מסתמא כן היתה קבלה בידם.
והנראה להשוות הקבלה והסברה שאין הכונה על ר' יוחנן דייקא כי אם על ישיבתו והישיבה נקראת על שם רבה ומיסדה, ור' יוחנן הוא אשר קבע ישיבתו בטבריא ומימות ר' יוחנן ואילך שם היה עיקר מקום התורה". – היינו, החתימה נשתה ע"י ישיבתו של ר' יוחנן הקרויה על שמו (וכמה דורות אחרי פטירתו).