למקומו המרכזי של ר"מ בהלכה:
ערובין יג.
"גלוי וידוע לפני מי שאמר והיה העולם שאין בדורו כמותו [ר"מ]. ומפני מה לא קבעו הלכה כמוהו? שלא יכלו חבריו לעמוד על סוף דעתו, שהוא אומר על טהור טמא ועל טמא טהור ומראה לו פנים".
מקובל לחשוב שבעקבות חוסר היכולת לעמוד על דעת ר"מ אכן כמעט ולא נפסק כמותו להלכה (מלבד בענייני גזרות שקיי"ל שהלכה כר"מ בגזרותיו) אולם בשאר עניינים כידוע הלכה כחבריו של ר"מ (ר"י, ר' יוסי, ר"ש, ר"א) במחלוקתם עימו.
דבר זה לא נכון!
אם ניזכר בכך ש'סתם משנה הינה דעת ר"מ' (למעט מקרים בודדים שהגמרא מוכיחה שזה לא כך) וניזכר בכך שרבי יוחנן קיבל מרבותיו שכל מקום שסתם רבי במשנה הלכה כסתם אפילו נגד כמה תנאים המפורשים בשמם, נגלה שברוב המקרים ההלכה היא כדעת ר"מ, מלבד במקרים שהוא הוזכר בשמו!
השאלה אם כן היא למה רבי כשערך את המשנה סידר את דעת ר"מ שהתקבלה להלכה בעילום שם והזכיר את שמו במקרים שלא התקבלה דעתו, הרי לכאורה יש בזה פחיתות כבוד לר"מ?
תשובה לשאלה זו נמצאת במקור הבא
מסכת הוריות דף יד, א
"... אמר להו רבי יוסי תורה מבחוץ ואנו מבפנים אמר להן רבן [שמעון בן] גמליאל ניעיילינהו מיהו ניקנסינהו דלא נימרו שמעתא משמייהו אסיקו לרבי מאיר אחרים ולר' נתן יש אומרים... מתני ליה רבי לרבן שמעון בריה אחרים אומרים אילו היה תמורה לא היה קרב אמר לו מי הם הללו שמימיהם אנו שותים ושמותם אין אנו מזכירים אמר ליה בני אדם שבקשו לעקור כבודך וכבוד בית אביך אמר ליה (קוהלת ט) גם אהבתם גם שנאתם גם קנאתם כבר אבדה אמר ליה )תהילים ט(האויב תמו חרבות לנצח אמר ליה הני מלי היכא דאהנו מעשייהו רבנן לא אהנו מעשייהו הדר אתני ליה אמרו משום רבי מאיר..."
מסתבר ששאלתנו היא גופא שאלת ר"ש לרבי אביו, "למה אין אנו מזכירים בשמו את אותו תנא שלימדנו את כל גופי התורה (ובכך מפסידים הבאת גאולה)??" על זה סיפר לו רבי את אותו סיפור שכמבואר בגמרא בסופו הוחלט שלא לציין הלכה בשמם של ר"מ או ר' נתן.
נראה שגם לאחר לימוד הזכות של ר"ש על ר"מ היה כבר מאוחר מכדי לשנות את כל סדר המשנה שנלמדה בע"פ באותו הדור וכך הגיע אלינו הכלל "הלכה כר"מ כשהוא סתם ולא כשנתפרש בשמו".
כוונת חכמים שלא נפסק כר"מ היא אם כן לומר שהיה ראוי לפסוק בכל מקום כמותו אלא שמפני שלא ירדנו לסוף דעתו יש מקרים מעטים שהלכה כחבריו.