מאורע שני במשנה: 'ראינוהו בזמנו, ובליל עיבורו לא נראה'
גם משמעות המקרה השני שנויה במחלוקת. הרמב"ם מפרש מקרה זה כפי שפירש את המקרה הראשון: רבן גמליאל ידע על-פי חישוב שניתן לראות את הירח בליל ל' והתעלם מחלק הבלתי רלוונטי בעדות של אי ראיית ליל ל"א. הרז"ה לעומתו, פירש כאן באופן מנוגד והצדיק מבחינה אסטרונומית דווקא את החולקים על רבן גמליאל:
אבל העדות האחרונה שבמשנתינו שקבלה ר"ג אותן העדים – ברור היה שעדות שקר היה והטעו את ר"ג ובאותה עדות לא ראה ר"ג בחשבונו עד שקדש את החדש, ואעפ"כ כיון שכתוב אתם אפי' שוגגין ואפי' מזידין ואפי' מוטעין לא רצה ר"ג לחזור בדבריו אע"פ שהיה בטעות שכיון שנתקדש החדש נקדש ואע"פ שחלקו עליו ר' דוסא בן הרכינס ור' יהושע חזרו והודו לדבריו.
בכך מבטא הרז"ה את המסר המרכזי של המשנה אשר מתעמעם במקצת לפי שיטת הרמב"ם: יש לקבל את הכרעת בית-דינו של רבן גמליאל גם כאשר היא נגד המציאות האסטרונומית; באופן זה אפשר להבין את עצבותו הגדולה של ר' יהושע שהיה בטוח בנכונות של חשבונו, ונאלץ לבטל את רצונו מפני קביעת בית הדין; את הדרשות שנדרשו במשנה ובברייתות המקבילות על החובה לקבל את סמכות בית הדין שוגגין, מוטעין ואפילו מזידין (בבלי ר"ה כה ע"א).
אך לפי הרמב"ם יש לומר בדוחק שניחומו של ר' יהושע היה רק לפי סברתו שהחשבון נכון, אולם באמת רבן גמליאל צדק.

המשמעות הקלנדרית של המאורע השני במשנה -ביאור חדש:
המשמעות של התרחשות הדברים במשנה היא שאם הירח לא נראה בליל ל"א, הרי שקל חומר שלא נראה בליל ל', והעדים העידו עדות שאיננה קבילה. מכאן עולה שהראייה הראשונה של הירח באותו החודש הייתה לכל המוקדם בליל ל"ב לחודש הקודם. תופעה זו מתרחשת כאשר קובעים מספר חודשים חסרים במקום חודשים שהם מלאים במציאות האסטרונומית. למשל, אם ראיית הירח החדש של החודשים אב, אלול ותשרי הם בימי השבוע א, ג ו-ה בהתאמה, הרי שאב ואלול אמורים להיות בני שלושים יום על פי הראייה. אם כנגד זאת בית הדין קובע את אב ואלול חסרים, הרי שראש חודש אלול יחול בפועל ביום ב, וראש חודש תשרי יחול בפועל ביום ג. כלפי האופן בו קבע בית הדין את החודשים, הירח החדש של אלול יראה בליל ג בשבוע שהוא ל"א לחודש אב, יום אחד אחרי הקביעה בפועל של ראש חודש אלול שהיתה ביום ב בשבוע. הירח החדש של תשרי יראה בליל ה' בשבוע, יומיים אחרי הקביעה בפועל של ראש חודש תשרי שהיתה ביום ג בשבוע, כלומר בליל ל"ב לחודש אלול.
לאור זאת יש להניח כי: לפני מועד המקרה המתואר במשנה, בית דינו של רבן גמליאל חיסר חודש אחד שהיה צריך להיות מלא, ועם קבלת העדים המתוארת במשנה, נקבע חודש נוסף חסר, וכך נוצר פער של יומיים בין הקביעה בפועל לראייה. אי הראותו של הירח אפילו בליל עיבורו חשפה את הפער לעיני כל וכך פרצה המחלוקת.