הגר"א נודע בביאורו לשו"ע, שהוא קצר וקולע. שולח תמיד למקור הדין הראשוני והפשוט. אלא שאינו מפרט כיצד למדו משם, ולכן לעתים לא ברור מה התכוון הגר"א (ואכן נכתבו כמה פירושים לביאורו).

כתוב בשו"ע (יו"ד רס"ד, ב'):
בַּכֹּל מָלִין, וַאֲפִלּוּ בְּצֹר וּבִזְכוּכִית וּבְכָל דָּבָר הַכּוֹרֵת, חוּץ מִבִּקְרוּמִית שֶׁל קָנֶה, לְפִי שֶׁקֵּיסָמִים נִתָּזִים מִמֶּנָּה, וְיָבֹא לִידֵי כְּרוּת שָׁפְכָה. וּמִצְוָה מִן הַמֻּבְחָר לָמוּל בְּבַרְזֶל, בֵּין בְּסַכִּין בֵּין בְּמִסְפָּרַיִם, וְנָהֲגוּ לָמוּל בְּסַכִּין.

אין מקור מפורש לכך שמצווה מן המובחר למול בברזל. יתירה מכך, במילות המתוארות בתנ"ך (ציפורה ובן משה, יהושע בגבעת הערלות) - הוזכר צור ולא ברזל!

יש שהביאו מדרש על מעשה דוד וגוליית. לפי המדרש כשקלע דוד אבן, היא פגעה בכובע של גוליית, ורצתה לחדור אותה, אך המתכת התנגדה, עד שהובטח לה שממנה ימולו.

יש להעיר שבפסוק מתואר שהמיגון והכובע של גוליית היו עשויים דווקא מנחושת ולא מברזל (עיין שמואל א' פרק י"ז).

הגר"א מפנה למשנה שלנו.

נראה שכוונתו כך:
לכאורה ההיתר של רבי אליעזר הוא מופרז. עושים כאן לפחות שלוש מלאכות: כורתים עצים (קוצר) לעשות פחמים (מבעיר) לעשות כלי ברזל (בונה / מכה בפטיש).

אם רצינו, היה אפשר לחדד צור, או פשוט לשבור בקבוק ולמול בשבר זכוכית.

אלא מכאן דייק הגר"א שיש עניין למול בברזל, עד כדי כך שר"א מתיר מלאכות בשביל זה (ואע"פ שאיננו מקלים כמותו במכשירי מילה, מ"מ למדנו שמילה בברזל היא עניין חשוב).