"אלא טעמא דרבי יהודה סברא הוא. וניפלוג נמי ר"י בכולהו?
בהי ניפלוג? בשובר עצמות הפסח ולאכול ממנו נא, זיבחא גופיה מי מיפסיל ".

סברת הגמרא כאן באופן פשוט שלא יתכן שמחשבה לפסול את הקרבן תהיה יותר חמורה מאשר הפסול עצמו.
לכן, אם הפסול למשל של שבירת עצם או אכילת נא, לא פוסל את הקרבן כי זה כבר לאחר שהקרבן הורצה בזריקת הדם כראוי, אי אפשר כבר לפסול את הקרבן.
ולכן, לא יתכן שמי שחושב בשעת ד' העבודות, לשבור עצם וכדומה, שזה יהיה יותר גרוע מהפעולה עצמה שלא פוסלת את הקרבן.

לכאורה הסברא הזו לא כל כך נכונה.
הראיה מפיגול. הרי מה בעצם היא מחשבת הפיגול? לאכול את הקרבן חוץ לזמנו.
ומה הדין אם אדם בפועל אוכל את הבשר של הקרבן חוץ לזמנו? האם זה פוסל את הקרבן?
לא ולא. הרי זה מעשה שלאחר ד' העבודות בכשרות והקרבן כבר הורצה.

ואם כן מדוע פשוט לגמרא שאם המעשה לא פוסל את הקרבן גם המחשבה לא פוסלת? זה הרי לא נכון.

וגם מצד הסברא ניתן לבאר זאת באר היטב.
כאשר באים להכשיר את הקרבן בד' העבודות החשובות, שם צריך לעשות את הכל בדקדוק גדול ולהקפיד על כל תג שלא יפסל הקרבן. אמנם לאחר שהקרבן כבר הורצה, יש לאוים ואיסורים אבל כבר לא ניתן לפסול את כל הקרבן.

זה דומה לכשרות המקוה. כאשר יש לנו כבר מקוה כשרה, 40 סאה מי גשמים, ניתן לשפוך שם עוד ועוד מים שאובים וזה לא נפסל.
אבל כשיוצרים את המקוה, אז אפילו 3 קבין מים שאובים פוסלים אותו.