אצלנו בדף לו עמוד א:
"אל יכך, ויברכך, וייטיב לך - רבי מאיר מחייב, וחכמים פוטרין. והא לית ליה לר"מ מכלל לאו אתה שומע הן. איפוך. כי אתא רבי יצחק תנא כדתנן. אמר רב יוסף: השתא דאנן תנן הכי, וכי אתא רבי יצחק תני הכי, ש"מ דוקא תנן... ".

וכן במקומות הבאים אנו מוצאים שרבי יצחק 'הופך' את דברי המשנה ומדייק לפי דעתו:

1. מסכת שבת דף קה עמוד א
כי אתא רבי יצחק תני: שתים. והאנן תנן שלש! - לא קשיא, הא - באלימי, הא - בקטיני. אמרי לה להאי גיסא, ואמרי לה להאי גיסא. אמרי לה להאי גיסא; אלימי,
2. מסכת עירובין דף כז עמוד א
- כל שכן אעירוב, ומאן דמתני אעירוב - אבל אמעשר לא. מאי טעמא - פירא בעינן. כי אתא רבי יצחק מתני אמעשר. מיתיבי, העיד רבי יהודה בן גדיש לפני רבי אליעזר:
3. מסכת עירובין דף לו עמוד ב
גמרא. כי אתא רבי יצחק תני איפכא כולה מתניתין. קשיא נכרים אנכרים, קשיא חכם אחכם! - נכרים אנכרים לא קשיא; הא - בפרהגבנא, הא - במרי דמתא. חכם אחכם
4. מסכת סנהדרין דף נג עמוד ב
כי אתא רבי יצחק תני כדתנן: רבי יהודה אומר: אינו חייב אלא משום האם בלבד. וטעמא מאי? - אמר אביי: דאמר קרא באמך היא - משום אמו אתה מחייבו, ואי אתה
5. מסכת סנהדרין דף נו עמוד ב
מאתו והיתה לאיש אחר. מכל עץ הגן - ולא גזל, אכל תאכל ולא אבר מן החי. כי אתא רבי יצחק תני איפכא: ויצו - זו עבודה זרה, אלהים זו דינין. בשלמא אלהים זו דינין -

מאידך אנו מוצאים במסכת יומא בדף מא עמוד ב שרבי יצחק לא ידע:
ידע שיש שתי לשונות של זהורית: לשון אחת של פרה ולשון אחת של שעיר המשתלח, וכן ידע שלשון אחת צריכה שיעור ולשון אחת אינה צריכה שיעור - אך לא ידע מי מהן צריכה שיעור ומי לא....