בבית שני ואלו הם:
א. ארון, כפורת וכרובים: הארון הכפורת והכרובים נכללים כ'דבר' אחד משום הימצאם בקדש הקדשים (רש"י: 'כוליה חדא מילתא'), וראה יומא דף נב עמוד ב.
ב. האש שירדה מן השמים על המזבח
ג. השכינה: שלושה מחנות היו בירושלים שהראשון בהם היה 'מחנה שכינה' הכולל את קדש הקדשים, את ההיכל ואת העזרה, ובמקום זה לא שרתה שכינה.
ד. רוח הקדש: "ורוח הקדש לא הייתה בנביאים משנת שתים לדריוש ואילך" (רש"י יומא דף כא עמוד ב)
ה. אורים ותומים: בכל התורה ובכל התלמוד לא נאמר מהם האורים ותומים, ממה הם עשויים או כל תיאור פיסי אחר שלהם!. יש מחז'ל האומרים שהאורים ותומים הם קלף שעליו כתוב שם המפורש שהיה נתון בתוך החושן אותו לבש הכהן הגדול כאחד משמונת בגדי הכהונה בשעה ששאל באורים ותומים שאלות הנוגעות למלך או לבית הדין הגדול או לצרכי ציבור (נציין שלא שואלים באורים ותומים בדיני ממונות או בהלכה, רש'י במסכת עירובין דף מה עמוד א ד'ה 'הרי שמואל' כותב: 'ומידי דאיסור והיתר לא משייל באורים ותומים'). יש דעה האומרת שחסרון האורים ותומים בבית שני היה חסרון רוחני ולא גשמי: האורים ותומים אכן היו גם בבית שני אך משום שלא השיבו לשאלות הכהן הגדול נחשבו כמי שאינם (יומא דף כא עמוד ב תוספות ד'ה 'ואורים ותומים'). הגמרא ביומא דף עג עמוד ב אומרת: כל כהן שאינו מדבר ברוח הקודש ושכינה שורה עליו - אין שואלין בו, (גרסת הרמב"ם בהלכות כלי המקדש פרק י הלכה י: עשו בבית שני אורים ותומים כדי להשלים שמנה בגדים ואף על פי שלא היו נשאלין בהן, ומפני מה לא היו שואלין בהן מפני שלא היתה שם רוח הקודש וכל כהן שאינו מדבר ברוח הקודש ואין שכינה שורה עליו אין נשאלין בו).