רש"י:
...ואם תאמר היכי משכחת לה דאיבני בחמיסר בי''ט ודאיבני בליליא והא קיימא לן במסכת שבועות (דף טו:) דאין בנין בהמ''ק לא בי''ט ולא בלילה הני מילי בנין בידי אדם אבל בנין העתיד לבא בידי שמים הוא:
ובסוכה מא
אי נמי. דאיבני בחמיסר סמוך לשקיעת החמה והיא היא ואי קשיא דבלילה אינו נבנה דקי''ל בשבועות (דף טו:) דאין בנין בית המקדש בלילה דכתיב וביום הקים ולא בחמיסר שהוא י''ט דקי''ל בשבועות (שם) דאין בנין ב''ה דוחה י''ט ה''מ בנין הבנוי בידי אדם אבל מקדש העתיד שאנו מצפין בנוי ומשוכלל הוא יגלה ויבא משמים שנא' (שמות טו) מקדש ה' כוננו ידיך:

יש לדעת שפרוייקט השו"ת (במדור חז"ל) לא מכיר כלל את דרשתו של רש"י על הפסוק "מקדש ה'"
מה שכן מופיע זה דרשה שונה לחלוטין:
[כתובות ה א]: גדולים מעשי הצדיקים יותר ממעשה שמים וארץ, דאילו במעשה שמים וארץ כתיב 'אף ידי יסדה ארץ וימיני טפחה שמים', ואילו במעשה הצדיקים כתיב 'מקדש ה' כוננו ידיך
מבואר שחז"ל תפסו שפסוק זה מדבר בדווקא על מעשי ידי הצדיקים ולא מעשה שמיימי כלל!
אומנם נראה שרש"י חידש דרשה זו מדעתו כדי לתרץ קושייתו וכדברי התוס' רא"ש (בסוכה שם):
"אלא ע"כ צריך לחלק כמו שפירש רש"י דמקדש לעתיד בנוי ומשוכלל [יגלה ויבוא מן השמים] כדכתיב מקדש ה' כוננו ידיך.

ואכן רוב הראשונים ובעקבותיהם הרבה מדורות ישראל קיבלו דבריו של רש"י למעשה והתרשלו מבניין הארץ והמקדש כיוון שחשבו שמצווה זו מוטלת על הקב"ה! (ולא כפי שנפסק ברמב"ם ספר עבודה)

אומנם יש לדעת שיש גם הסברים אחרים:
בית הבחירה למאירי מסכת סוכה דף מא עמוד א
ומ"מ בגמ' שאלו באיזה צד היה מקום לחששא זו לאסרו כל היום שאם חשש שמא יגמר הבנין ביום שיתסר עצמו הרי מ"מ בשחרית לא היה שם מקדש וכבר הותר על ידי האיר פני מזרח ואם שחשש שמא יגמר קודם שיתסר מ"מ למה אסר כל היום דיו לאסור עד חצות שהרי בזמן המקדש הרחוקים היו אוכלים מחצות ולמעלה כמו שביארנו והשיבו שהחששא היתה שמא יגמר הבנין סמוך לשחרית של שיתסר כגון בלילה שמחרתו שיתסר או בחמיסר סמוך לשקיעת החמה שנמצא אסור עד שיהא העומר קרב ושאין שהות ליקרב בחצות שהעומר טורח יתר היה בו לקצרו וליבשו באביב של קלוי ולצברו עד שיזוב לחותו ולטחנו ולנפותו בשלש עשרה נפה ולא יהא אפשר ליקרב בחצות ומתוך כך אסרו לכל היום ואף על פי שאין בנין בית המקדש דוחה יום טוב וכן שאין בנין בית המקדש בלילה דהא כתיב וביום הקים את המשכן חשש לבית דין טועים שתהא חיבת הקדש מביאתן לכך:
היינו שוודאי שחשב ריב"ז שיבנה המקדש בידי אדם אלא שחשש לב"ד שיטעו ויבנוהו נגד הדין המפורש במסכת שבועות!

בדרך דומה הלך גם הערוך לנר:( סוכה דף מא עמוד א )
בד"ה אי נמי. בנוי ומשוכלל הוא. אף שגם התוס' והריטב"א הסכימו לזה לענ"ד דוחק הוא לפרש הגמרא כן מדקאמר מהרה יבנה ביהמ"ק ולפי דברי רש"י הל"ל מהרה יגלה ביהמ"ק וכן הלשון דאיבני דקאמר משמע בנין ממש וכן לקמן (נב ב) דקאמר מאן נינהו ד' חרשים ומני משיח ב"ד ומשיח בן יוסף בהדייהו ופי' רש"י משיחים שניהם אומנים לבנין ביהמ"ק ע"ש ואם כבר בנוי ומשוכלל ירד למטה מאי אומנות שייך בזה וכן מה שנאמר במשנה תמיד (פ"ז מ"ג) ומה שאנו מתפללים בכל תפלותינו יה"ר שיבנה ביהמ"ק במהרה בימינו יהיו תפלות שוא כיון שכבר נבנה הוא והי' לנו להתפלל שיגלה ביהמ"ק במהרה ולכן הי' נלענ"ד דודאי ביהמ"ק לעתיד לבא יבנה בנין ממש בידי אדם ומה שנאמר מקדש ד' כוננו ידיך שנדרש בתנחומא שירד למטה הוא ביהמ"ק רוחני שיבא לתוך ביהמ"ק הנבנה גשמי כנשמה בתוך הגוף וכמו שירד במשכן ובבית המקדש האש של מעלה תוך האש של הדיוט שנבער בעצים וכן נראה במכילתא דדרש מפסוק מכון לשבתך פעלת ד' שבית המקדש של מעלה מכוון כנגד בית המקדש של מטה ועל זה קאמר מקדש ד' כוננו ידיך שלעתיד לבא כשימלוך ד' לעולם ועד לעיני כל באי עולם ישכון למטה בתוך מקדש שכבר בנוי הוא ומכוון כנגד ביהמ"ק של מטה והיינו שירד למטה תוך המקדש שיבנה ועיין בזוהר פ' וישב שמשמע שם כן אמנם כמו שלמטה בארץ אין נשמה בלא גוף כמו כן המקדש רוחני לא יקום בלא מקדש גשמי ולכן א"ש הלשון בנין בביהמ"ק שלעתיד ג"כ
נציין רק שאין במדרש תנחומא שבידינו זכר לדרשה זו!