אני לא מצליח להבין מה הגמרא בדיוק שואלת בקטע המודגש להלן:

גמרא:
על שאין בה ידיעה בתחלה ולא בסוף שעירי רגלים ושעירי ראשי חדשים מכפרין דברי ר' יהודה:
א''ר יהודה אמר שמואל מ''ט דר' יהודה אמר קרא ושעיר עזים אחד לחטאת לה' חטא שאין מכיר בו אלא ה' יהא שעיר זה מכפר... ונכפר נמי אפי' בשאר עבירות תנא דבי ר' ישמעאל הואיל וזה בא בזמן קבוע וזה בא בזמן קבוע מה זה אינו מכפר אלא על טומאת מקדש וקדשיו אף זה אינו מכפר אלא על טומאת מקדש וקדשיו
אשכחן שעירי ראשי חדשים שעירי הרגלים מנלן וכי תימא הא נמי כדתנא דבי ר' ישמעאל איכא למיפרך אי מדראש חדש שכן תדיר אי מדיום הכפורים שכן מרובה כפרתו... אלא כדא''ר חמא בר' חנינא שעיר ושעיר ה''נ שעיר ושעיר ואיתקוש שעירי רגלים לשעירי ראשי חדשים מה שעירי ראשי חדשים אינן מכפרין אלא על שאין בה ידיעה לא בתחלה ולא בסוף אף שעירי הרגלים אינן מכפרין אלא על שאין בה ידיעה לא בתחלה ולא בסוף:

רש"י:
מאי טעמא דרבי יהודה. דאמר כל האחרים מכפרין על שאין בה ידיעה לא בתחלה ולא בסוף חוץ משל יוה''כ:
הא נמי כדתנא דבי רבי ישמעאל. הואיל וזה בא כו' ויליף להו אי מדראש חדש אי מדיום הכפורים:

לכאורה מקריאה פשוטה של הגמרא נראה שהשאלה היא: מנין ששעירי הרגלים מכפרים על שאין בה ידיעה לא בתחלה ולא בסוף.
החיזוק להבנה זו, הוא המילים "אשכחן שעירי ראשי חודשים, שעירי הרגלים מנלן", שהרי כל קטע הסוגיה הקודם אכן הוכיח נושא זה לגבי שעירי ראשי חדשים.
כמו כן, מסקנת הגמרא לבסוף אכן מוכיחה דבר זה במפורש [השורות האחרונות שצוטטו לעיל מסוגיית הגמרא].
אבל, לכאורה מתשובת הגמרא הראשונה ("וכי תימא הא נמי כדתנא דבי ר' ישמעאל") נראה שהשאלה היא בכלל אחרת!! - ולכן משהו פה לחלוטין לא מובן לי!

ההצעה של פירוש התוס' (שלא נובעת מקושי בהבנת הפשט, כמו שהצגתי לעיל) לא פותרת לי את הבעיה:
שעירי רגלים מנ''ל. הכא אין לפרש מנין דלא מכפרי נמי אשאר עבירות כדבעי לעיל אדר''ח דא''כ מאי פריך בסמוך שכן תדיר שכן מרובה כפרתו אדרבה כ''ש דנילף מהתם דאע''ג דחמירי לא מכפרי נמי אשאר עבירות אלא יש לפרש מנלן דמכפרי אטומאת מקדש וקדשיו דאיכא כרת אימא דלא מכפר אלא בשאר עבירות דליכא כרת כיון דאין כפרתו מפורשת ולא דמי לדר''ח שמפורשת דחטא שאין מכיר בו משמע כל חטאים שאינם ידועים כדפירש הקונטרס בסמוך ולהכי בעי מנלן דלא מכפרי נמי אשאר עבירות ולהכי נמי חשיב לה בסמוך גילוי מלתא בעלמא: