א. הקב"ה ברא גם את המנוחה, לפי המדרש הידוע 'מה היה חסר העולם? מנוחה, באה שבת באה מנוחה' וכו', ולכן כביכול היא מלאכה שהקב"ה ברא, ומלאכה זו כמובן לא נאסרה בשבת.
ב. בחסידות - זה שאנחנו צריכים לעשות מלאכה ולא כל העולם מושלם, זה מצד החסרון של העולם, שה' ברא אותו חסר, ותפקידנו בעולם הוא לעבוד ולטרוח ולהשלים אותו, לכן צריך לעבוד ולפעול ולעשות, לכן המלאכות חייבות להיות 'חסר', כלומר, בשביל שנעשה ונשלים אנחנו את העולם, ה' ברא אותו חסר.
ג. שלושים ותשע מלאכות הם בגלל קללות אדם הראשון, שהתקלל לעשות מלאכה (בזעת אפיך תאכל לחם), והם כנגד ל"ט מלקות, שעליהם כתוב בתורה ארבעים, ומחסרים אחת (אולי בגלל זה התחילו במלאכות מ'סידורא דפת')
ד. יש ארבעים פסוקים שכתוב בהם 'מלאכה' שכתובים בתורה (שבת מט ע"ב), והמשנה מחדשת, שזה חסר אחת, שלא כל הארבעים כלולים במלאכות, אלא יש מלאכה שכתובה בתורה ולא כלולה במלאכות אסורות בשבת.שלושים ותשע מלאכות הם כנגד שלושים ותשע מלאכות שכתובות בתורה, ויש עוד פעם נוספת שכתוב 'מלאכתו', לגבי יוסף ש'ויבוא לעשות מלאכתו', והגמרא דוחה שהכוונה שם לעשות צרכיו עמה, ולכן זה חסר אחת, כי בעצם יש ארבעים אזכורים בתורה של המילה מלאכה.
ה. התנא התבטא כאן כמו שהתבטא במסכת מכות 'ארבעים חסר אחת', ושם התבטא כך משום שבתורה כתוב ארבעים והורידו אחד, כי דרשו במספר ארבעים, מספר הסמוך לארבעים (מכות כב ע"א)