הרב יוסף שמשי, מחבר תוכנת "גמראור"
עקרונות בכללי הגמרא ובלשונה

חזקיה ורבי יוחנן - כמי ההלכה?

כתובות כז ע"א

על ידי נפשות - אסורה וכו'.
אמר רב: כגון נשי גנבי, ולוי אמר: כגון אשתו של בן דונאי.
אמר חזקיה: והוא שנגמר דינן להריגה,
ורבי יוחנן אמר: אע"פ שלא נגמר דינן להריגה.

1.
רמב"ם הלכות איסורי ביאה פרק יח הלכה ל:

האשה שנחבשה ביד עכו"ם ע"י ממון מותרת, ע"י נפשות אסורה י לכהונה ולפיכך אם היה בעלה כהן נאסרה עליו, בד"א בזמן שיד ישראל תקיפה על העכו"ם והם יראין מהם, אבל בזמן שיד העכו"ם תקיפה אפילו ע"י ממון כיון שנעשית ברשות העכו"ם כ נאסרה אא"כ העיד ל לה אחד כשבויה כמו שביארנו.

2.
מגיד משנה הלכות איסורי ביאה פרק יח הלכה ל:

... עוד שם בגמרא אמר חזקיה והוא שנגמר דינן להריגה ורבי יוחנן אמר אף על פי שלא נגמר דינם להריגה ובהלכות לא הזכירו זה נראה שדעתם לפסוק כרבי יוחנן וזה דעת רבינו
ויש מפרשים נגמר דינן ולא נגמר על הבעלים וכפי מה שנזכר בסמוך:

הרמב"ם לא מתייחס למחלוקת בגמרא בין חזקיה ורבי יוחנן. חזקיה מגביל את הדין במשנה של מי שנחבשה בידי עכו"ם ובזמן שיד עכו"ם תקיפה. ורבי יוחנן לא מגביל.
ומשמע מהרמב"ם שפוסק כרבי יוחנן אעפ"י שהוא לא מביא את דבריו של רבי יוחנן.

3.
יוצא לפי דבריו שכעיקרון הלכה כרבי יוחנן נגד חזקיה למרות שחזקיה היה אחד מרבותיו של רבי יוחנן.