הרב יוסף שמשי, מחבר תוכנת "גמראור"
עקרונות בכללי הגמרא ובלשונה

הלכה כרבי מאיר נגד רבי יהודה - בניגוד לכלל 

סוכה דף ה ע"א

ותניא, רבי יוסי אומר: מעולם לא ירדה שכינה למטה, ולא עלו משה ואליהו למרום, שנאמר +תהלים קט"ו+ השמים שמים לה' והארץ נתן לבני אדם.

ראה מה שכתבתי במקום אחר:
מנחות דף צו:

1.
בגמרא:

השולחן ארכו י' ורחבו חמשה, לחם הפנים ארכו י' ורחבו ה', נותן ארכו כנגד רחבו של שולחן, וכופל טפחיים ומחצה מכאן וטפחיים ומחצה מכאן, נמצא ארכו ממלא רחבו של שולחן, דברי רבי יהודה;
ר' מאיר אומר: השלחן ארכו י"ב ורחבו ו', לחם הפנים ארכו י' ורחבו ה', נותן ארכו כנגד רחבו של שולחן, כופל טפחיים מכאן וטפחיים מכאן וטפחיים ריוח באמצע, כדי שתהא הרוח מנשבת בהם;
אבא שאול אומר: שם היו נותנין שני בזיכי לבונה של לחם הפנים. אמרו לו, והרי כבר נאמר: +ויקרא כ"ד+ ונתת על המערכת לבונה זכה! אמר להם, הרי כבר נאמר: +במדבר ב'+ ועליו מטה מנשה. ...

2.
רמב"ם הלכות בית הבחירה פרק ג הלכה יב:

השלחן היה ארכו שנים עשר טפח ורחבו ששה טפחים, והיה מונח ארכו לאורך הבית ורוחבו לרוחב הבית וכן שאר כל הכלים שבמקדש אורכן לאורכו של בית ורחבן לרוחב הבית חוץ מן הארון שהיה אורכו לרוחב הבית, וכן נרות המנורה כנגד רוחב הבית בין הצפון ובין הדרום.
+/השגת הראב"ד/ רוחב הבית בין הצפון וכו'. א"א זהו מחלוקת התנאים וסדר התמיד אינו כן שהרי שנינו מצא שתי נרות מזרחיות דולקים וזהו לענין מזרח ומערב מונחים.+

הרמב"ם פסק כשיטת רבי מאיר במשנה שהשולחן אורכו היה יב טפחים ורוחבו ו טפחים.

3.
כסף משנה הלכות בית הבחירה פרק ג הלכה יב:

השלחן היה ארכו י"ב טפח ורחבו ששה. בפרק שתי הלחם (דף צ"ו) תנן השלחן ארכו עשרה ורחבו חמשה וכו' דברי ר' יהודה ר' מאיר אומר השלחן אורכו י"ב ורחבו ששה ופירש"י ארכו י' ורחבו ה' כדכתיב אמתים ארכו ואמה רחבו ור' יהודה לטעמיה דאמר אמת כלים באמה בת חמשה וכו' ורבי מאיר לטעמיה דאמר כל האמות היו בינוניות וצריך טעם למה פסק כר' מאיר ואפשר שטעמו מפני ששנינו שם במשנה דאבא שאול ס"ל כוותיה. ומ"ש והיה מונח ארכו לאורך הבית וכו' וכן שאר כל הכלים ארכן לארכו של בית. משנה שם:

ה"כסף משנה" שואל מדוע הרמב"ם פסק כרבי מאיר. כוונתו היא, שישנו כלל שבמחלוקת בין רבי יהודה ורבי מאיר [כאשר הם מוזכרים בשמם – במפורש, ולא כ"סתם משנה"] ההלכה היא כרבי יהודה. על כך הוא עונה שהתנא "אבא שאול" במשנה סובר כרבי מאיר, לכן הלכה כרבים – רבי מאיר ואבא שאול – נגד דעת יחיד – רבי יהודה. ומתאים לכלל שגם כאשר ישנם כללי הכרעה בין תנאים ובין אמוראים מדובר רק ביחידים, אבל כשרבים חולקים על יחיד הרי שהכללים לא חלים, ותקף רק הכלל "הלכה כרבים" [מדובר ברוב הכללים ולא בכולם, למשל יש אומרים שהלכה כ"רבי" אפילו נגד רבים מחבריו].

4.
ובסוגייתנו - סוכה דף ה עמוד א מובא הסבר נוסף:
ערוך לנר מסכת סוכה דף ה עמוד א:

בגמרא מעולם לא ירדה שכינה למטה. לפי מה דמסקינן לקמן (בעמ' ב') לר' יהודה לא הי' גובה הארון והכפרת רק תמניא ופלגא וכיון דכתיב ודברתי עמך שם ע"כ רבי יהודה לא ס"ל הך מימרא דלא ירדה שכינה למטה מעשרה ולפ"ז ר' יוסי דקאמר הכי ע"כ כר"מ ס"ל דכל אמות בת ו' טפחים גם של כלים ובזה יש ליישב שיטת הרמב"ם שפסק הל' בית הבחירה (פ"ג הי"ב) כר"מ ע"ש והקשה שם הכס"מ עליו למה פסק כר"מ נגד רבי יהודה ע"ש שנדחק ביישובו
אבל לפ"ז אתי שפיר כיון דע"כ רבי יוסי פליג על רבי יהודה ואמרינן בעירובין דף מו ב) רבי יוסי ור' יהודה הלכה כר' יוסי א"כ כש"כ דהכא הלכה כמותו דר"מ מסייעו ולכן פסק הרמב"ם כוותייהו נגד רבי יהודה:

הוא טוען שדברי רבי יוסי בסוגייתנו מתאימים רק לשיטת רבי מאיר, שכל המידות בבית המקדש היו לפי אמה בת שישה טפחים. וממילא יוצא שהלכה צריכה להיות כרבי מאיר [וכפי שפוסק הרמב"ם] בגלל שרבי יוסי סובר כמותו נגד רבי יהודה, ולא רק בגלל שהם רבים נגד יחיד, אלא גם בגלל הכלל שהלכה כרבי יוסי נגד רבי יהודה.

5.
וראה ב"ילקוט ביאורים" שיש גם "סתם משנה" כרבי מאיר.