שלשום התעמקנו בדעת אחד המפרשים, אני ושני אברכים ת"ח שנסעו עמי בטרמפ (לאחר שכרגיל הסעתי את הגרז"ן גולדברג לשיעורו, ודנתי עמו בלכתך בדרך בין השאר בשיעורי החזו"א). ביקשתי מהאברך שיקרא שוב את הלשון מתוך הספר, ואח"כ שוב. כמה פעמים צריך לקרא?! הוא התפלא. עניתי שזה כלום לעומת מספר הפעמים שהרב מרדכי אליהו היה מבקש לקרא את הטור בתחילת שיעורו הקבוע בטור וב"י.
באחד השיעורים הרב הסביר מניין לו נוהג זה. פעם הוא נכנס לחזון אי"ש והקשה לו מאחד התוספותים. החזו"א שאל אותו אם הסוגיה נהירה לו על בוריה. לאחר שהוא חזר והתעמק בדברי התוספות הוא גילה שאכן אין מקום לקושיה. מאז הוא למד לדייק היטב בלימוד.
הרב מרדכי אליהו היה אומר שמבין החכמים שהוא הכיר, שנים הם שהוא העריך במיוחד את גדלותם. החזון אי"ש והאדמו"ר מחב"ד. הוא אמר לי פעם שכל סוגיה שהוא היה מזכיר בשיחתו לאדמו"ר מחב"ד, הוא היה בקי בה כאילו למד אותה זה עתה לאחרונה.
בתחילת שנות נישואיו היה הרב אליהו נכנס לחזו"א שיתפלל בעדו עבור זרע של קיימא. פעם התכנסו אצל החזו"א רבנים, ולרב אליהו שהיה צעיר לימים לא נותר מקום לשבת והוא נותר לעמוד. הבחין בכך החזו"א, פינה לו מקום וקרא לו: שב הר"מ במזל! (כינוי לרמב"ם, בלשון הר"ן ועוד). היום רגילים להזכיר שם הרב אליהו – מרדכי צמח בן מזל. אני רגיל להזכיר בנוסח החזו"א. גם הרב עצמו כתב נוסח זה בתפילתו המופלאה שהיה אומר לפני יושבו על מִדִּין, ושנתגלתה בידי בניו בארנקו לאחר פטירתו.

לשון התפילה:
רבש"ע גלוי לפניך שלא על דעתי עמדתי לשרת עם קדושיך לדון ולהורות.
ידעתי מיעוט ערכי, מך שבערכין, לא בקשתי נפלֵאת ממני אך כך הורו לי רבותי.
וכך גלגלתָּ כל הגלגולים וסיבבת כל הסיבות וַהֲקֵמֹתָּ מעפר דל, ותעש לי שם כשם הגדולים. גזרה חוכמתו יתברך ויתעלה שמו לשרת עם קודש להורות ולדון ועל הכל יתברך שמו ויתעלה. אך רעדה אחזתני יראה ורעד יבוא בי על הסכנה הנוראה העומדת עלי, ופי תהום הפָּעוּר לנגדי ובראות נפשי לִקְטָלָה נָפִיק, כי בַּעַר אני ולא אדע על כן זחלתי ואירא.
אנה אפנה לעזרה ואנה אברח. אבל בטחתי ברוב חסדך ומפיל תחינתי לפניך כי אתה שומע תפילה.
אנא ה' אלוקֵי הרוחות, חוס ורחם על כל יושבי כִסְאוֹת לְמִשְׁפָּט, ובפרט עלי אני עבדך בן אמתך מרדכי בן מזל. רחם עלי ותן לי לב שומע, ודעת להבין לשפוט את עמך. חננו חכמה בינה דעת והשכל שלא נאמר על טהור טמא ועל טמא טהור, על מותר אסור ועל אסור מותר, על זכאי חייב ועל חייב זכאי, ותצילנו מכל שגיאות וטעויות. ויהא ליבי חזק ואיתן להוכיח כל עושי עוול, להציל עשוק מיד עושקו ואל ישיאנו יצרנו להעלים עין ח"ו ותזכנו לגדור פרצות ולהתקין תקנות ולהרביץ תורה ושיהא שם שמים מתקדש על ידינו, ותהא אימתנו מוטלת על הבריות ואהבתנו חקוקה בליבם, ונתרחק מן הגאווה והכעס והקפדנות, ותאזרנו חיל לסבול את עמך, גל עיניי ואביטה נפלאות מתורתך.