קושייתו של אביי היא: "משום דלא ידע לבסומי קלא (יחזקאל כ') משפטים לא יחיו בהם קרית ביה?". כלומר, הרי יש אנשים חסרי חוש מוזיקלי שאינם יודעים לקרא בטעמים, וכי כל קריאתם נחשבת ל"משפטים לא יחיו בהם"? מכאן שגם היודע לנגן ולא ניגן אינו חמור עד כדי כך. הוא לא עירער על עצם הצורך בנעימה.

וכתב המהרש"א בחידושי אגדות:
"משום דלא ידע לבסומי כו' לא יחיה קרית ליה כו'. אבל מרישא דקרא לא טובים לא קשה לי' דודאי טוב הוא לקרוא בנעימה כו' מיהו בעונש לא יחיה אין סברא".

ודברתי אתמול עם הגרז"ן גולדברג על עניין זה וגם הוא סבור שגם למסקנת הגמרא צריך לקרא בטעמים. והזכיר את דברי הרמ"א: "אם טעה בנגינת הטעם או בניקוד, אין מחזירין אותו, אבל גוערין בו".

פירוש "קורא" הוא גם בקריאת התורה. וכ"כ רש"י: "נעימה - כגון טעמי המקראות" (אמנם ניתן לדחוק שרצה לבאר למי שאינו מבין במוזיקה שזה רק דומה לטעמים. אבל בשו"ת קול מבשר חלק ב סימן כח לא הבין כן, שכתב על כך: "דלמדנו מכאן דקורא שהוא במקרא תורה שבכתב צריך להיות רק בנעימה שהוא טעמי המקראות". ואגב נמצאו כת"י עם טעמים גם על המשניות, ואמר הגרז"ן שזה כבר הוזכר בשל"ה). וכל הסוגיה הסמוכה לפני כן איירי בקריאת התורה (אמנם ניתן לדחות שלא נאמרו הדברים אלא משום שאלו דברי רבי שפטיה בשם רבי יוחנן).
וכ"כ בשו"ת אפרקסתא דעניא חלק ב - אורח חיים סימן כג:
"ועי' מגילה דף ל"ב, כל הקורא בלא נעימה ושונה בלא זמרה עליו הכתוב אומר וגם אני נתתי להם חוקים לא טובים כו'. ופירש"י: בלא נעימה "טעמי המקראות", הרי דנעימות המקרא הוא טעמי המקראות, ואף על גב דמתקיף לה אביי כו' ע"ש. עי' מהרש"א דרק מסיפא דקרא קשיא ולא מרישא, לכן פליאה נשגבה בעיני על הרבנים והקהילות יצ"ו שמקבלים לכתחילה ש"ץ הרחוקים מידיעת בית רבם בניקוד ובטעמים ומניחין אותם בשבשתא דעל על...".
והאריך עוד הרבה בזה.