ב'שער הגלגולים' מובא: " בלכתך דרך ים טבריה אל חמי טבריה באמצע הדרך ממש במקום שיש דקלים רבים בשפת הים ההוא, מכוון כנגד מגדל אחד אשר בראש ההר שם הוא בארה של מרים". ברור מכאן שבאר מרים, על פי האר"י (כפי שמובא בידי תלמידו ר' חיים ויטאל),

בספר 'נגיד ומצוה' מוסיף גם מוסיף לאיתור המדויק של המקום. ר' יעקב צמח, שבמחצית הראשונה של המאה היז' לסה"נ עסק רבות בפרסום כתבי יד גנוזים של ר' חיים ויטאל, מביא בספרו זה תיאור מדויק יותר של המקום, מפי ר' חיים ויטאל, ובו מסופר איך שר' חיים ליווה את רבו לטבריה על מנת 'ללמוד ממנו זאת החכמה': " כשאני חיים באתי אצל מורי ז"ל [האר"י הקדוש] ללמוד ממנו זאת החכמה הלך מורי ז"ל לטבריה והוליכני עמו... וכשהיינו מהלכים בספינה בתוך המים, כנגד העמודים של בית הכנסת הישן, אז לקח מורי ז"ל כוס אחד ומילא אותו מים מבין העמודים, והשקה לי אותם המים, ואמר לי: עכשיו תשיג בזאת החכמה, כי אלו המים ששתית היו מבארה של מרים. ומאז ואילך התחלתי ליכנס בעומק החכמה הזאת".

בעת המצור על טבריה בשנת 1742 הזכיר הרב חיים אבולעפיה את בארה של מרים בטבריה כרומזת אל השכינה אשר תגן על טבריה מפני סולימאן אל-עדאם‏