לפי הגהות הב"ח -
הטעות של יואב היתה שהוא חשב/למד שיש לקרוא: "זָכר עמלק" (בקמץ), ולא "זֵכר עמלק" (בצירה).
זה קצת תמוה שעד כדי כך הטעות היתה גדולה, וכי כך קראו בבית הכנסת?

אלא שהפירוש ששמעתי (בניגוד להגהות הב"ח) זה שהטעות היתה שחשב/למד שיש לקרוא "זֶכר עמלק" (בסגול), ולא "זֵכר עמלק" (בצירה).

כאשר קוראים בסגול, אז בעצם הכוונה לזָכר, כיוון שרק בגלל הסמיכות למילה "עמלק" הקמץ נהפך לסגול,
כפי שמוצאים ב"עֶשן הכבשן" (בסגול) שהכוונה כמובן ל"עָשן" (בקמץ) של הכבשן.