אמר רב הונא: מאי דכתיב אשר נקרא שם שם ה' צבאות יושב הכרובים עליו,
מלמד שלוחות ושברי לוחות מונחים בארון.

מצד ארון ברית ה' - כבר ביארנו בס' במדבר י' ל"ג עפ"י הברייתא שלוחות השניות לא נקראו ארון ברית ה' אלא או לוחות הראשונות שנשברו או ס"ת, והבאנו שם מחלוקת תנאי ריב"ל ורבנן אי היה בארון שעשה בצלאל בכל משך המדבר גם הלוחות שנשברו או גם הס"ת, והנה לרבנן שהיו הלוחות שנשברו באותו ארון ומש"ה נקרא ארון ברית ה' ניחא בפשיטות. אבל לריב"ל דס"ל דשברי לוחות הוא בארון בפ"ע ולא נקרא ארון של בצלאל ארון ברית אלא משום ס"ת היינו פרשיות ש"ת, א"כ אין מדויק לשון מצד ארון ברית ה', שהרי לא נקרא הכי אלא משום הס"ת וא"כ איך אפשר לומר על הס"ת שיניח מצד ארון ברית ה'.
אבל נראה דריב"ל מודה דאחר הליכת המדבר הניחו שברי לוחות בארון שעשה בצלאל, אלא ס"ל דכמו במדבר הלכו שברי לוחות בארון בפ"ע כך היה תמיד, שבשעת מלחמה נטלו השברי לוחות מזה הארון והניחו בארון השני ונשאוהו למלחמה אבל אחר המלחמה הניחו בארון שבקה"ק. והיינו דאי' במס' ב"ב ספ"א דשברי לוחות היו בארון שבקדשי הקדשים והוכיחו מקרא דשלמה המלך. ולא כתוס' עירובין דס"ג ב' דלמ"ד שני ארונות היה צ"ל שהניחו השברי לוחות בימי שלמה בבנין הבית, וס"ל דמאז והלאה מודה ריב"ל שלא באו למלחמה. וזהו דוחק, והרמב"ן בפ' עקב הוכיח מזה דב"ב דסוגית התלמוד דלא כריב"ל. ולדברינו אין שום ק' דודאי כ"ע מודי בזה אלא דלריב"ל היה המצוה לטלם למלחמה ולצורך מצוה רשאים ליכנס לקה"ק כמש"כ התוס' בב"ב די"ד א'. מעתה שפיר נקרא אז זה הארון שעשה בצלאל ארון ברית ה' מחמת שהיו מונחים בו שברי לוחות.

[מביא מחלוקת תנאים בשאלה האם גם בזמן המדבר היו שברי הלוחות מונחים בארון שעשה בצלאל, וסובר שגם בזמן שהיו שברי הלוחות בארון שבמקדש, היו נוטלים אותם ומביאים אותם למחנה המלחמה.]

(העמק דבר, דברים לא, כו)