משנה (על פי נוסח המשנה שבידינו):

כשם שהמים בודקין אותה, כך היו בודקין אותו; שנאמר "ובאו", "ובאו".
כשם שהיא אסורה לבעל, כך היא אסורה לבועל; שנאמר: "נטמאה", "נטמאה" - דברי רבי עקיבה.
אמר רבי יהושוע: כך היה דורש זכריה בן הקצב.
רבי אומר: שני פעמים האמורים בפרשה "נטמאה" "נטמאה" - אחד לבעל, ואחד לבועל.

גרסת הגמרא כנוסח בירושלמי:

כשם שהמים בודקין אותה כך המים בודקין אותו; שנאמר: "ובאו", "ובאו".
כשם שהיא אסורה לבעל כך אסורה לבועל; שנאמר: "נטמאה", "נטמאה" - דברי ר' עקיבה.
א"ר יהושע: כך היה דורש ר' זכריה בן הקצב.
רבי אומר: שני פעמים האמורין בפרשה אם נטמאה אם נטמאה - אחד לבעל ואחד לבועל.

גרסת הגמרא כנוסח בבבלי:

שם שהמים בודקין אותה כך המים בודקין אותו; שנאמר: "ובאו", "ובאו".
כשם שאסורה לבעל כך אסורה לבועל; שנאמר: "נטמאה", "ונטמאה" - דברי ר' עקיבא.
א"ר יהושע: כך היה דורש זכריה בן הקצב.
רבי אומר: שני פעמים האמורים בפרשה נטמאה ונטמאה אחד לבעל ואחד לבועל.

===

מהי בדיוק דרשתו של רבי עקיבא?

לפנינו שתי דרשות, הראשונה בשל הכפלת המלה "ובאו" בפסוקים, השניה בשל הכפלת המלה "ונטמאה":

"...וְהִשְׁבִּיעַ אֹתָהּ הַכֹּן, וְאָמַר אֶל-הָאִשָּׁה: אִם-לֹא שָׁכַב אִישׁ אֹתָךְ... וְאָמַר הַכֹּהֵן לָאִשָּׁה: יִתֵּן ה' אוֹתָךְ לְאָלָה וְלִשְׁבֻעָה... וּבָאוּ הַמַּיִם הַמְאָרְרִים הָאֵלֶּה בְּמֵעַיִךְ לַצְבּוֹת בֶּטֶן וְלַנְפִּל יָרֵךְ; וְאָמְרָה הָאִשָּׁה אָמֵן אָמֵן. ... וְהָיְתָה אִם-נִטְמְאָה וַתִּמְעֹל מַעַל בְּאִישָׁהּ; וּבָאוּ בָהּ הַמַּיִם הַמְאָרְרִים לְמָרִים...
וְצָבְתָה בִטְנָהּ וְנָפְלָה יְרֵכָהּ; וְהָיְתָה הָאִשָּׁה לְאָלָה, בְּקֶרֶב עַמָּהּ. וְאִם-לֹא נִטְמְאָה הָאִשָּׁה, וּטְהֹרָה הִוא--וְנִקְּתָה, וְנִזְרְעָה זָרַע. כט זֹאת תּוֹרַת, הַקְּנָאֹת, אֲשֶׁר תִּשְׂטֶה אִשָּׁה תַּחַת אִישָׁהּ, וְנִטְמָאָה.


גרסת משנתנו, כמו גם גרסת הירושלמי, גורסת שדרשת ר"ע היא מהכפלת המלה "נטמאה". ר"ע הוא הדורש דרשות מכפל מלים, וכך המדרש אומר על רבי עקיבא ש"על כל קוץ וקוץ תולה תילי תילין של הלכות" (מנחות כט:). לדוגמה: "המול ימול יליד ביתך" ; או "ובשל מבושל במים", שבפסוק כפל לשון - וממנו דורש רבי עקיבא דברים נוספים. מנגד, בר הפלוגתא שלו בנושא זה, רבי ישמעאל, קובע שאין ללמוד מכפלי הלשון, משום ש"דיברה תורה בלשון בני אדם".
הגמרא בירושלמי, מייד אחרי משנה זו, מציגה את הגרסאות-הדרשות השונות כאן, בין רבי עקביא לרבי ישמעאל. רבי עקיבא דורש מהכפל נטמאה-נטמאה, בעוד רבי ישמעאל דורש מהוספת וו החיבור.
רש"י מעמיד את דרשת רבי עקיבא בבבלי דוקא על וו החיבור. ובלשונו: "נטמאה ונטמאה: וי''ו יתירא דריש אשר תשטה אשה תחת אישה ונטמאה: וכך היה ר' זכריה דורש. וי''ו יתירא:"
כלומר, בניגוד מפורש למה שנכתב בירושלמי.

רש"י, כידוע, הכיר את הירושלמי.

ונלע"ד שרש"י סובר שגרסת הבבלי אינה שיבוש, אלא גרסה אחרת במשנה, גרסה המסתמכת על השינוי בין "נטמאה" בפסוק הראשון לבין "ונטמאה" שבפסוק השני. רש"י אינו חולק על העקרון, שר"ע דורש כפילויות, אלא סובר שכאן דרשתו היא דוקא לא מהכפילות, אלא מוו החיבור שבפעם השניה - ושזו הסיבה על פי גרסת המשנה שבבלי.
ושמא הבדל בין מסורת א"י לבין מסורת בבל בדברי ר"ע היא.