ורבי יהודה בן לקיש אומר ארון במקומו נגנז.
כי הוא סובר כמובא בירושלמי שקלים פ"ו ( וסוטה פ"ח ) שאך זה למדנו, שהיו עם ישראל שני ארונות, אחד שבו מצוי ס"ת שכתב משרע"ה ואחד שבו כל הלוחות ( השלמים והשבורים, כך יש להכריע לגבי נוסח המחלוקת, כי יש בכתבי היד שתי מסורות הפוכות, והשניה מוטעית ), הארון עם סה"ת יצא למלחמות, וארון הברית עם הלוחות יצא רק במלחמת יריחו וביום השני במלחמה עם פלישתים בימי עלי ונשבה,
ולכן רבי יהודה בן לקיש סובר שאכן יש מסורת כזו ש"ארון גלה לבבל" כדאמר רבי אליעזר, אך הכוונה לארון עם סה"ת ולא לארון הברית עם הכפורת והכרובים והלוחות שנגנז בימי יאשיהו, ולכן היה קיום לתורה בבבל כי כל חכמי התורה גלו עם התורה, החרש והמסגר וכו' כמובא ב'סדר עולם', ובפסוקים המובאים להוכיח ש"ארון גלה לבבל" המדובר בסה"ת שגם היא 'כלי חמדת ה' ', חמדה גנוזה שנמסרה לישראל.
והרמב"ם פסק הלכה כמותו בהלכות בית הבחירה.