כשהגמרא שואל על כהן גדול מביתו למה פירש? הסביר רש"י "מביתו למה פירש. מאשתו למה פירש תבא אשתו עמו שם שהרי על כרחך לשכת פרהדרין לא היתה קדושה שאין ישיבה בעזרה אלא למלכי בית דוד כ''ש שכיבה:" משמע שהמקשן ציפה שהכה"ג יהיה עם אשתו בלשכת פרהדרין, שאמנם אינה בעזרה אבל כנראה היא בהר הבית.
כך גם הבינו תוס' ד"ה מביתו, שהקשו איך תהיה הו"א שכה"ג יהיה מותר באשתו בהר הבית, הרי בעל קרי אסור בהר הבית. ותירצו שהכוונה שיהיו במחילות, כלומר במפלס תת קרקעי, שפתוח להר הבית ולא לעזרה וממלא אין קדושתו אף לא ככקושת הר הבית.
ייתכן כמובן לומר שזו גם דעת רש"י, אבל ייתכן שרש"י חולק וסובר שבעל קרי מותר בהר בית. או לפחות - שסוגייתנו סוברת שבעל קרי מוצר בהר הבית.

לכאורה זה מופרך, כי בפסחים דף ס"ז (ע"א למטה), דרש ר' שמעון "וישלחו מן המחנה כל צרוע וכל זב" שזב אסור בהר הבית, וכל זב - לרבות בעל קרי, ור' יהודה לא חלק עליו בזה. ואח"כ בגמרא (ע"ב למטה) "אמר ר' יוחנן ... בעל קרי משתלח חוץ לשתי מחנות", אמנם הגמרא התווכחה איתו אבל כל הקושיות תורצו, והביאו ברייתא כמותו, אז מדוע לחשוב שבעל קרי יהיה מותר בהר הבית.

מצד שני, הרמב"ם נמנע במפגיע מלהזכיר איסור בעל קרי בהר הבית. הן בהלכות בית הבחירה, פ"ה ופ"ו, שם הוא מונה את עשר הקדושות ששיאן בקדש הקדשים ובעלייתו, והן במצוות שילוח טמאים בהלכות ביאת מקדש פ"ג - תמיד הזכיר זבין וזבות נדות ויולדות ומעולם לא אמר "בעל קרי". ולענ"ד היה עליו לומר זאת, זה לא בהכרח מובן מאליו.
כך שייתכן שרש"י סובר לפרש את סוגייתינו כמו בדיעה החולקת על ר' יוחנן שם.

לגבי הרמב"ם עצמו - נושאי כלי הרמב"ם דנו בשיטתו, ע' בנו"כ בשני המקומות ובספר המפתח ברמב"ם פרנקל.
ולענ"ד הרמב"ם רמז דעתו לאיסור בכך שהביא (פ"ג מביאת מקדש ה"ח) את הפסוק "ויצא אל מחוץ למחנה לא יבוא אל תוך המחנה" פסוק העוסק בבעל קרי.