בגליון מאורות הדף היומי מובא:
העובדה כי פעמים שרבי שמעון מוזכר לבדו, ופעמים שהוא מצויין עם שם אביו, נדירה למדי בש"ס.
יש מן התנאים ומן האמוראים שהוזכרו בשמם בלבד, ויש שהוזכרו עם שם אבותיהם – עיתים, על מנת להבדילם מתנאים או אמוראים בעלי שמות זהים – אך השימוש בתואר כפול נדיר ביותר.
תמיהות אלו ואחרות הניעו את רבי משה קוניץ מאובן (שחיבר ספר מיוחד לפני כמאתיים שנה, בשם "בן יוחאי", ובו הוא מגיע למסקנות מפתיעות על רבי שמעון בר יוחאי) להסיק, כי יש להבחין בין 'רבי שמעון', לבין 'רבי שמעון בר יוחאי'.
אלו הם שני שמות של אותו אדם, אך כל שם משתייך לתקופה אחרת בחייו! טרם נכנס אל המערה נקרא רבי שמעון, לאחר שיצא הימנה נתכנה רבי שמעון בר יוחאי, או 'בן יוחאי'.

וכך אכן ניתן לראות בסוגייתנו:
אמרו: יהודה שעילה - יתעלה, יוסי ששתק - יגלה לציפורי, שמעון שגינה – יהרג (...)
אזלו טשו במערתא. איתרחיש ניסא איברי להו חרובא ועינא דמיא (...)
איתבו תריסר שני במערתא. אתא אליהו וקם אפיתחא דמערתא, אמר: מאן לודעיה לבר יוחי דמית קיסר ובטיל גזרתיה? נפקו (...)
דמעיקרא כי הוה מקשי רבי שמעון בן יוחי קושיא - הוה מפרק ליה רבי פנחס בן יאיר תריסר פירוקי, לסוף כי הוה מקשי רבי פנחס בן יאיר קושיא - הוה מפרק ליה רבי שמעון בן יוחי עשרין וארבעה פירוקי.
אמר: הואיל ואיתרחיש ניסא - איזיל אתקין מילתא (...)
אמר: איכא מילתא דבעי לתקוני? - אמרו ליה: איכא דוכתא דאית ביה ספק טומאה, ואית להו צערא לכהנים לאקופי. אמר: איכא איניש דידע דאיתחזק הכא טהרה? אמר ליה ההוא סבא: כאן קיצץ בן זכאי תורמסי תרומה. עבד איהו נמי הכי, כל היכא דהוה קשי - טהריה, וכל היכא דהוה רפי - צייניה. אמר ההוא סבא: טיהר בן יוחי בית הקברות!

[ובכך אף ניתן ליישב את קושיית רעק"א בגליון הש"ס על כפילות דברי ר"ש בברייתא ראש השנה ד ע"א:
דתניא: אחד הנודר, ואחד המקדיש, ואחד המעריך, כיון שעברו עליו שלשה רגלים - עובר בבל תאחר. רבי שמעון אומר: שלשה רגלים כסדרן, וחג המצות תחילה. וכן היה רבי שמעון בן יוחי אומר: רגלים פעמים שלשה, פעמים ארבעה, פעמים חמשה. כיצד? נדר לפני הפסח - שלשה, לפני עצרת - חמשה, לפני החג - ארבעה.]