"אמר לו רבי יהודה: והלא מעשה בא לפניך בצפורי והכשרת! אמר לו: כשהכשרתי - ב'זה' הכשרתי".

בעשרות מקומות מובאת דרכו של רבי יהודה, להביא ראיה לדעתו ממעשים, שנהגו בהם כדעתו לכאורה.
אולם נפסק במסכת בבא בתרא דף קל:
"תנו רבנן: אין למדין הלכה לא מפי למוד ולא מפי מעשה - עד שיאמרו לו הלכה למעשה".

ופירש רשב"ם:
"ולא מפי מעשה - אם יראה רבו עושה מעשה אל יקבע הלכה בכך דשמא טעה בטעם של פסק דין של אותו המעשה,
דהרבה טועין בדבר הלמוד,
כדאמרין: והא דפלוני לאו בפירוש אתמר אלא מכללא אתמר וטעה בסברא".

ואכן בפעמים רבות ענו חכמים לרבי יהודה והכחישוהו.
כגון במסכת עירובין ח משנה ז
"אמר ר' יהודה מעשה באמה של אבל שהיו ממלאין ממנה על פי זקנים בשבת!
אמרו לו מפני שלא היה בה כשיעור".
בתוספתא סוכה א הלכה א
"אמר ר' יהודה מעשה בסוכת הילני שהיתה גבוהה מעשרים אמה והיו זקנים נכנסין ויוצאין אצלה ולא אמר אחד מהן דבר!
אמרו לו מפני שהיא אשה ואשה אין חייבת בסוכה.
אמר להם והלא שבעה בנים תלמידי חכמים היו לה וכולן שרויין בתוכה!

בגמרתינו יש ראיה מיוחדת לכך שאין אמינות מוחלטת בלימוד ממעשה, שהרי רבי יוסי מוסמך יותר להעיד כיצד היה המעשה כיון שהיה לפניו.
ואמרו במסכת כתובות דף עב.
"ומשמשתו נדה. היכי דמי?...
לא צריכא, דאמרה ליה פלוני חכם טיהר לי את הדם, ואזל שייליה ואשתכח שיקרא".
ויש ראשונים שלמדו מכאן שהחכם תמיד מהימן יותר מהאומר בשמו.
וגם אם היו עדים שראו במה התיר רבי יוסי, רבי יוסי מכיר טוב יותר מה היתה דעתו ובמה נתכוין להתיר.