תשובות הגאונים (דפוס ליק, סימן צז):
ששאלתם אבוה דשמואל למה לא נקרא בשמו.
אמרו כי אבוה דשמואל הלך בסחורה למקום רחוק לימים מצאה אותו מדית אחת שהיתה יודעת בלשון העופות ותבעתו לדבר עבירה ותתן לו אלף אלפים ככר כסף. אמר לה למה. אמרה לו שמעתי כי הלילה תוליד בן שלא היה כמוהו בחכמה. וכששמע זה הלך בקפיצה בלילה אל ביתו וידע את אשתו ונתעברה וישב לדרכו בקפיצה וכשבא הדבר לבית דין העידו כי הרה לזנונים היא שהרי כמה ימים שלא היה בעלה בכאן והביאוה לבית דין והלקוה וילדה בן ונקרא שמואל ואחר כן בא אביו והעיד עליו והיה שמואל אומר אני ידעתי כשהלקו את אמי והכוני ברצועה על ראשי ופצעו את ראשי ומקום הרצוע ניכר בראשי ועל זה היו קורין אותו אבוה דשמואל להודיע לכל שהוא אביו.

בן יהוידע (בבא מציעא פה ע"ב):
ונראה לפרש בס"ד הטעם, שלא נסמך ולא נקרא רבי, דידוע מ"ש בתשובת הגאונים, דאביו בא על ידי שם המפורש בקפיצת הדרך, מן מדינת הים לעירו אצל אשתו בלילה, ונתעברה ממנו בשמואל, ועשה כן מפני ששמע בהיותו במדינת הים, בו ביום מאותה גויה שהיתה בקיאה בחכמת אצטגינות, שאותה הלילה הוא מוצלח להוליד בן חכם גדול, ולכן בא אצל אשתו ע"י שם ממה"י, ונ"ל כי היתה מסולקת הדמים וטהורה, ואז בא עליה ונתעברה בשמואל, ומאחר שעיבורו של שמואל היה ע"י מעשה נס, לכן נגזר מן השמים שלא יהיה נהנה מכבוד הסמיכה, ומקריאת שם רבי.

בן יהוידע (בבא מציעא פה ע"ב):
ועוד נ"ל בס"ד, דארז"ל כי ריב"ב התפלל על אבוה דשמואל שיוליד בן כשמואל הנביא דכתיב ביה כי נאמן שמואל לנביא, ולכן מן השמים גלגלו שלא יהיה נסמך אלא נקרא שמואל בסתם, כמו שמואל הע"ה, שנקרא שמואל בסתם בלא תואר.